Ученый-мелиоратор с мировым именем, под руководством которого создана и функционирует научная школа по вопросам орошаемого земледелия, объединяющая мелиораторов России.
С 1982 по 2002 гг. И.П. Кружилин работал директором Всероссийского научно-исследовательского института орошаемого земледелия, в настоящее время он является главным научным сотрудником института. Во настоящее время институт под научным руководством И.П. Кружилина выполняет научные исследования в соответствии с Программой фундаментальных научных исследований государственных академий наук на 2013-2020 годы, составляющей основу Государственного задания ФГБНУ ВНИИОЗ на оказание государственных услуг и выполнение государственных работ.
При непосредственном участии И.П. Кружилина за эти годы разработаны теория, методы и технологии комплексной мелиорации орошаемых земель, которые позволяют реализовать экологически безопасные, ресурсосберегающие технологии программированного возделывания сельскохозяйственных культур, обеспечивающие устойчивое и высокопродуктивное ведение сельскохозяйственного производства на орошаемых землях в засушливых зонах России. При этом теоретически и экспериментально обоснованы допустимые пределы насыщения агроландшафтов орошаемыми землями и режимы комплексной мелиорации их с осуществлением текущего контроля и оперативного управления почвенно-мелиоративным состоянием. Особое внимание уделено обоснованию структуре посевных площадей и типам севооборотов в орошаемых агроландшафтах, обеспечивающих утилизацию до 3,5% ФАР с набором высокорентабельных культур для хозяйств различных форм собственности и специализации, а также способам сохранения и расширенного воспроизводства плодородия почв, приемам восстановления деградированных земель, минимализации и утилизации дренажно-сбросных вод. Разработаны комплексные модели и алгоритмы, а также программы управления на ЭВМ водным и пищевым режимами почвы, интегрированной защитой посевов, способствующие экономии ресурсов и снижению пестицидной нагрузки в создаваемых высокоадаптивных технологиях программированного выращивания сельскохозяйственных культур с высоким качеством получаемой продукции.
Отличительной чертой научной деятельности И.П. Кружилина является не только теоретическая обоснованность, но и практическая направленность его работ. Внедрение разработок института, выполненных под его научным руководством и при непосредственном участии только в 2009 году проведено на площади 237,32 тыс. га. За счет внедрения результатов НИР получено 147,45 тыс. тонн дополнительной сельскохозяйственной продукции на общую сумму 493,24 млн. рублей. Средний экономический эффект с гектара орошаемой пашни составил 2,07 тыс. рублей. При этом на 1 руб. затрат бюджетного финансирования условная прибыль составила 8,87 руб.
И.П. Кружилин является автором более 600 опубликованных работ, в том числе 45 изобретений, защищенных авторскими свидетельствами и патентами, 40 монографий, учебников и учебных пособий, брошюр и нормативных документов для проектных, строительных и эксплуатационных мелиоративных сельскохозяйственных организаций. Только за последние пять лет И.П. Кружилиным опубликовано 98 научных работ, в числе которых 2 монографии и 9 патентов на изобретения. Им создана научная школа, представленная учениками-мелиораторами различных регионов России и ближнего зарубежья, подготовлено 14 докторов и 26 кандидатов наук. Об авторитете ученого свидетельствует его активное участие в конгрессах, симпозиумах в СССР, США, Словакии, Югославии, Германии, Израиле, Кубе, Монголии, ЮАР, где он достойно представлял отечественную мелиоративную и сельскохозяйственную науку. В настоящее время И.П. Кружилин является членом редколлегии журналов «Стрежень», «Мелиорация и водное хозяйство», «Вопросы мелиорации» МСХ РФ.
Заслуги И.П.Кружилина отмечены многими государственными наградами, в числе которых орден «Знак Почета» и орден Почета, медаль «За трудовую доблесть», «В честь 100-летия со дня рождения В.И. Ленина». Ему присвоено почетное звание заслуженного деятеля науки Российской Федерации, он награжден Международным Дипломом общественного признания и Медалью чести Американского биографического института за значительный вклад в профессиональную область и улучшение общественных отношений, а в 1997, 1998 и в 2001 гг. Американским биографическим институтом был признан Человеком года. В 2002 г. Международный биографический центр в Кембридже (Англия) включил И.П. Кружилина в число 1000 крупнейших ученых мира. В том же 2002 году Международной организацией «Кто есть кто в мире» США профессиональное эссе об И.П. Кружилине включено в издание «500 выдающихся людей XXI столетия».
